一、校史簡介：
我國近代海軍教育，起源於清同治年間，先有船政機構的設立，繼而於馬尾成立前後學堂，后因需才孔急，海軍學校紛起，各艦隊自辦學校，唯各校組織相異，目的有別，制度不一，及至抗戰勝利後，本於黃埔建軍之革命精神，統一教育體制之理念，亦為實現軍隊國家化之行動，於上海成立新制海軍軍官學校並合併其它各校，參照美國海軍軍官學校學制辦理校務，茲就本校上海創校迄今，計分四個時期，分述如后：
(一)上海創校時期：
抗戰勝利後，政府決定建設海軍，鞏固海防，乃於民國三十五年三月七日奉軍政部海軍處三十五年二月二十五日海京發字第七六號訓令，由軍政部海軍處假上海高昌廟接收上海偽海軍學校，並設立海軍軍官學校籌備處，民國三十五年六月十六日，海軍軍官學校成立，由當時國民政府主席先總統蔣公中正先生任首任校長，開始招生上課招考學生（員），展開新海軍的教育。
(二)北遷青島時期：
民國三十六年四月一日，局勢日漸惡化、社會日趨混亂，基於中美海軍合作之需要及其當地豐厚之教育資源與居東北海軍之駐地，奉令自上海北遷山東青島，遷校之後，依其營舍環境，將校區分為兩部份。一為校本部、軍官訓練班、接艦訓練班等三單位，駐在原來中央海軍訓練團舊址；另一為學生總隊，駐於德人所留之建築物-若鶴兵營。
(三)南遷廈門時期：
民國三十八年二月二十一日，鑑於中共叛亂日益加劇，北方各地岌岌可危，加上北平局部和談、徐蚌會戰失利之際，青島已成三面受敵之境，勢難獨存於北方，基於此一危急局勢，奉令由山東青島遷抵福建廈門進駐復華小學，並與廈門大學協商，聘請該校部分教授擔任課程。
(四)三遷左營時期：
遷駐廈門時期，因中共叛亂不斷擴大，各地相繼失守，間接受其影響，損害不小，另民國三十八年八月因中共南下，廈門告急，乃於民國三十八年八月二十九日及九月十二日分二梯次將人員、卷籍及裝具，搭乘中練與中海軍艦遷抵現址左營，然從民國三十七年至民國四十年的四屆校慶都是在每年的四月一日舉行校慶，迨至民國四十年，第四任校長王恩華少將因認為四月一日是西洋的「愚人節」並不妥當，認為有改期的必要，故簽請上級改以蔣公於民國三十六年十月十七日蒞校視察之日為本校校慶紀念日，經於民國四十年五月二十六日核定沿用迄今，以示感念之意。
二、教育演進：
基於教學需要，於民國四十六年三月一日，調整編制由原有六個單位增加為政治部等二十個單位，后因力求行政組織精進靈活，乃於民國四十七年六月一日將原來的校長辦公室、教務組及圖書館併入教務處；人事組、補給組等四單位併入行政處，由原二十個單位裁併為十六個單位；另為增進教學宏旨，參照美海校編組，民國四十九年十月十六日調整教學組織，將原有九個教學系統分別納入海軍科學部、一般科學部及社會科學部等三大學科部納管。民國七十九年七月一日，將海軍科學部與一般科學部合併為大學部。民國八十五年八月一日，配合國防部海軍總司令部「人力編制調整案」，作了較大的調整，將政一、政二、政三科及監察官室合併簡化為政一、二科；大學部與社會科學部合併為一般學科部，另新成立軍事學科部（下轄戰術組、輪機組與體育組等三個組）與資訊中心，八十九年七月一日，奉教育部核定，一般學科部五大學系成立（電機工程學系、海洋科學系、船舶機械學系，原數理系更名為「應用科學系」、企管系更名為「資訊管理系」）。