總教官室設有戰術、輪機、體育等三組，主要任務在於遵循本校軍事教育宗旨，培育學生之兵學素養，使其具備成為海軍基礎軍官之專業知識與未來在海軍發展事業之潛力，而與科學及哲學教育共同形成軍事教育之特色。
本部之課程內涵，包括由戰術組所教授之航海、船藝、兵器系統工程、戰鬥系統與運用、地圖閱讀、兩棲作戰、情報基本概念、領導統御、國軍新一代兵力簡介、偵蒐系統概論、航海英文、戰術運動、兵器概論、指管通情 、海事法規、海軍戰略與戰術、資訊戰基本概念、陸海空簡介、防空概論、海軍概論、海軍值更勤務、通報話規程、密譯法、通信現行作業程序等軍事課程。由輪機組則教授海軍輪機概論、輔機、內燃機、汽機與鍋爐、燃氣渦輪機、輪機模擬系統、艦內通信、輪機管理、電羅經、消磁、核生化、輪機實務與安全等艦艇輪機課程，以及由體育組所教授之體育課程。
經由本室課程學習與艦艇實習之學程規劃與輔導，學生必須面對挑戰、全力以赴，才能完成理論與實務經驗結合之軍事學科教育，成為海軍精英中之一員。