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一般學科部自民國八十九年元月奉教育部核定設立應用科學學系、電機工程學系、船舶機械工程學系、資訊管理學系、海洋科學學系等五個專長學系,主要目標在培育學生科學學養,並兼融哲學、兵學等專業學科於一體。各系課程之設計,乃基於教育部對大學理工科系學能之要求與海軍專業之所需。九十一年初為精進學校教育,經海軍總部教改會議通過,配合學系設立海軍科技、艦艇應用化學、海軍武器系統、艦艇機械動力系統、國防資訊管理、國防資訊工程、海洋聲學與反潛等七個學程,強化海軍國防教育之特色。官校學生於本部受教後,不僅可學習海軍專業所需之學術基礎,並經由基本科學之基礎課程與專長課目之修習,期能具備紮實的學術與研究基礎,奠定日後發展海軍事業及進修新科技之潛能。本部針對明日海軍之發展與科技演進,以及本校之四大教育目標:培養學生成為具備「科技知識」、「明晰的思維邏輯」、「創造能力」與「領導統御風範」的現代化海軍軍官;以領導統御作為統整的角度,透過課程設計、教學實施以及教學評量,持續不斷的精進課程之整體設計與教學品質,更新軟、硬體輔教設施,並按計畫引進優良師資,培育學生成為未來優秀的海軍建軍人才。
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